1月31日，巴拉圭政府发布第4978号总统令，宣布将原定于2021年1月11日至1月31日实行的新冠肺炎卫生防疫措施延长至2月21日，以遏制新冠肺炎疫情蔓延。
在新冠肺炎卫生防疫措施实行期间，除紧急情况以外，民众外出时间限制在每天早上5时至晚上23时59分，在上述时间以外，若民众因工作原因需要外出，必须持有相关证明文件；餐饮场所的营业时间与民众外出时间一致，就餐人员须提前预订座位并进行个人信息登记；仅有外卖服务、客服中心和药房允许24小时营业。
另一方面，社交活动时间须限制在4小时以内，并且禁止使用舞池；商业场所和餐饮场所分别在每晚22时和24时以后禁售酒精饮料。
此外，经政府授权的体育场所可以举办14人及以下的团体体育活动，但体育场所内禁止举办体育比赛、禁止销售和消费酒精饮料；文化场所（剧院、电影院、展览馆、图书馆、博物馆等）可以举办75人及以下的文化活动；室外宗教场所和室内宗教场所分别可以举办100人及以下和150及以下的宗教活动。
1月29日，巴拉圭公共卫生部（MSP）部长胡利奥·马佐莱尼（Julio Mazzoleni）召开全国新冠肺炎疫情新闻发布会通报，中央省和首都亚松森市仍为全国新冠肺炎疫情的震中，但根据2021年1月收集到的疫情数据来看，上巴拉那省正在经历第二波新冠肺炎疫情，该省的疫情形势令人十分担忧，另外，伊塔普阿省的疫情形势也必须“引起注意”。
在上巴拉那省，东方市（Ciudad del Este）、埃尔南达里亚斯市（Hernandarias）、佛朗哥总统城（Presidente Franco）和明加瓜苏市（Minga Guazú）是受第二波疫情冲击最大的城市。
此外，马佐莱尼指出，从长期来看，全国新冠病毒感染人数和死亡人数总体保持稳定，但仍有小幅波动。
