截至当地时间6月3日，巴西全国新增新冠肺炎确诊病例28633例，累计达584016例；单日新增死亡病例1349例，累计达32548例，另共有238617名患者康复。
巴西总统博索纳罗于3日正式任命军人出身的爱德华多·帕祖洛担任巴西卫生部临时部长。自5月15日前卫生部部长泰奇辞职以来，帕祖洛一直在担任代理卫生部部长一职，他也成为了巴西新冠肺炎疫情期间的第三位卫生部部长，前两位卫生部部长均因与博索纳罗抗疫理念不同而辞职。同日，博索纳罗否决了投入86亿雷亚尔（约合121亿人民币）用于防治新冠肺炎的提案。
英国牛津大学将在巴西进行新冠病毒疫苗临床试验，2000名来自圣保罗州和里约热内卢州的志愿者在本月内将参与试验，试验结果将作为该疫苗是否能够顺利获批的衡量标准之一。
巴西公共卫生研究机构——奥斯瓦尔多·克鲁斯基金会（Fiocruz）与英国伦敦大学学院（University Colleague London）的实验人员对巴西境内的4个州和首都所在的联邦区内部分新冠肺炎患者进行采样，并解码了18个完整基因组，在与全球流感共享数据库（GISAID）中保存的全球各地的新冠病毒基因图谱进行对比时发现，巴西境内检测到的新冠病毒与欧洲、北美洲和大洋洲所检测到的病毒极为相似。
