据捷克卫生部公布的数据，9月16日捷克境内新增新冠肺炎确诊病例首次超过两千例，达到2139例，又一次刷新纪录。进入9月份以来，捷克单日新增病例共10次刷新纪录，8次超过一千例。累计确诊突破4万例，达到41032例。中国驻捷克大使馆发布公告，再次提醒在捷克的中国公民关注疫情，进一步做好防护措施。
面对日趋严峻的疫情，捷克卫生部也公布了新的疫情防控措施，从9月18日起，无座位的室内活动人数不得超过10人。对于有座位的室内场所，售票时必须指定座位。新规适用于餐厅、酒吧和夜店，不适用于展会、集市及其他类似活动。
9月16日，德国宣布捷克中波希米亚州继首都布拉格之后成为疫情高风险地区。目前一共已有14个欧洲国家对捷克实施入境限制。
